Memasuki Jumat (28/8/2026), rangkaian Muktamar beralih ke agenda persidangan.
Sidang Pleno I berlangsung pukul 08.00–11.00 WIB di Ruang Pleno Halaman GSG. Agenda utamanya membahas dan mengesahkan jadwal serta tata tertib Muktamar ke-35 NU.
Selanjutnya, Sidang Pleno II berlangsung pukul 13.30–17.00 WIB dengan agenda laporan pertanggungjawaban (LPJ) PBNU, pandangan umum atas LPJ, serta jawaban atas pandangan umum tersebut.
Pada malam hari, pukul 19.00–22.30 WIB, peserta mengikuti sidang enam komisi.
Komisi A: Bahtsul Masail ad-Diniyah al-Waqi'iyyah di Halaman MAN 3.
Komisi B: Bahtsul Masail ad-Diniyah al-Maudlu'iyyah di Aula Ma'had Aly.
Komisi C: Bahtsul Masail ad-Diniyah al-Qonuniyyah di Aula Madrasah Fatah Hasyim.
Komisi D: Organisasi di Aula GSG.
Komisi E: Program di Aula Kampus IAIBAFA.
Komisi F: Rekomendasi di Aula Unwaha.
Pembahasan Komisi hingga Pemilihan, Sabtu 29 Agustus
Pada Sabtu (29/8/2026), sidang komisi kembali dilanjutkan pukul 08.00–12.00 WIB.
Setelah istirahat, shalat, dan makan, agenda berlanjut dengan Sidang Pleno III pukul 13.30–15.00 WIB. Sidang membahas sekaligus mengesahkan hasil sidang komisi.
Kemudian Sidang Pleno IV berlangsung pukul 15.30–17.30 WIB. Agenda mencakup pengesahan tata tertib pemilihan Rais Aam dan Ketua Umum serta tabulasi usulan anggota Ahlul Halli wal Aqdi (Ahwa).
Agenda paling krusial dijadwalkan melalui Sidang Pleno V pada pukul 19.30–23.30 WIB.